2020年新冠疫情爆发后，陈时飞多次出席国务院联防联控机制新闻发布会。在2020年2月的国务院联防联控机制新闻发布会上，陈时飞介绍了新冠肺炎治疗药物应急审批等相关情况，强调国家药监局非常注重药物临床试验的质量管理，保护受试者的权益，保证试验结果数据真实可靠可信。2022年8月，国务院发布任免通知，免去陈时飞的国家药品监督管理局副局长职务。2025年2月26日，中央纪委国家监委官宣陈时飞被查。

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